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会計監査課の役割はその名の通り、予算の用途を監視管理する事にある。その役割、立場上、セクションの中でも司令部寄りにあり、外部に対して直接的な行動を行うことは殆どない。FANGの活動により一般施設や一般人に被害が出た場合、この保障を行うのも会計監査課である。

作戦時において会計監査課のエージェントがチームに組み込まれる場合、その多くは「状況の確認」であることが多い。チームに同行し、その状況における予算適応の有無を査定する役割が主となる。無論、このような役目を持つエージェントはチームに同行できるだけの技能、能力を持つ。

人事考査課は会計監査課と同様に、直接外部での活動を行うことはほぼ無く、全体の人事を管理するという立場上、司令部に近い位置に存在する。隊員各個のスキルを把握し、セクション個々が独立した機能を果たす以上、その機能を維持できるだけの人員をそれぞれに配置し、稼働状態に置くことが役割となっている。

作戦時において人事考査課のエージェントがチームに組み込まれる場合、その多くは「能力査定」であることが多い。エージェントのスキル、習熟度のチェック、役職に適応しているか否か、等の査定が行われる。無論、このような役目を持つエージェントはチームに同行できるだけの技能、能力を持つ。

警備防衛課はその名の通り、守備の一切を担う。 各セクションの保安局と提携し、本部、支部、外部施設全ての警備防衛を担当する。また、要人や要注意人物のボディーガード的な役割を果たし、本人も知らぬところで警備防衛課のカウンターエージェントが護衛を行っている場合も多々ある。時に協力国から要請を受け、要人護衛や式典警備を行うこともある。

作戦時においては、チームの守備要員、物資やターゲットの護衛の他、対応能力に優れる隊員が多いことから汎用的な戦闘要員、守備のプロとして編入されるケースが多い。

研究開発課はその名の通り、レネゲイドウィルスの研究を初めとした様々な研究、実験を行い、その過程で得た技術を実用レベルにまで高めるセクションである。 装備管理課と提携し、様々な新装備の開発にも着手している。 レネゲイド研究、新技術開発という面から各国と関与が深いセクションである。研究、実験、開発などの内務的な仕事だけではなく、敵対勢力による実験、技術が関与する事件に専門的に当たるチームも存在する。

FANGの取り扱う事件自体がレネゲイドウィルスが関与、また、FHを初めとする敵対勢力が生み出した新技術が何らかの形で関与するケースが多いため、必然的に研究開発課のエージェントがチームに組み込まれる事が多い。また、FANGから盗み出された研究や技術、危険と判断された外部技術（化学兵器など）の物理的処理を担当するケースも多い。

移動車輌、ヘリから個人装備の拳銃に至るまで、FANGの全ての装備を管理するのが装備管理課である。セクションごとに存在する資材装備管理局と連携し、隊員個々が使用した弾丸の一発まで管理を行う。また、FANG隊員は個人で装備を選択する自由が認められているが、大抵の装備は装備管理課に届け出ることで調達を行うことができる。また、研究開発課から提供された技術を元に独自の装備開発を行い、この部門は各国の開発部と提携しているケースが多い。

作戦時において装備管理課のエージェントがチームに組み込まれる場合、実地における装備のテストといった形も勿論あるが、装備管理課のエージェントは「兵器運用のスペシャリスト」であるケースが非常に多い。レネゲイド能力と各種兵器を組み合わせた多様なスキルを持つエージェントは一個の兵器システムとまで言われる。

運路輸送課はFANGの全ての部門、全ての隊員に日常的に関与しているセクションである。物資、人員の輸送、FANGで使用される機体、運輸ルート全ての運用、管理を一手に司っている。また、移動輸送課のエージェントはその殆どがドライバー、パイロットとして第一級の腕前を持つ者たちで構成されており、その機動力を活かした特殊部隊が存在する。。

運路輸送課のエージェントがチームに組み込まれる場合、使用する機体の整備要員、運転要員として用いられるケースが多いが、機体に搭乗した時の能力、中でも機動力は他のエージェントの追随を許さない。 逃走するターゲットのチェイサーとして活躍するケースも少なくない。

医療衛生課は全ての医療活動、衛生活動を担う重要なセクションである。特に昨今、世界各国政府の力が低下したことにより、化学兵器をはじめとするウィルスの流通が顕著なものとなり、医療衛生課の重要度がFANG全体で叫ばれており、施設、装備、人員の強化が全体で行われている。事件の際における日常的な活動としては、負傷した隊員の治療は元より、現場の汚染調査、汚染されている際の処理（住民の避難、汚染洗浄）などを行う。

医療衛生課のエージェントがチームに組み込まれる場合、衛生兵的な位置づけとして編入されるケースが多い。 また、ウィルス、化学兵器に対して専門的な知識、対処能力を持つエージェントが多いため、特にウィルス汚染、科学汚染が見込まれる状況に投入される事がある。

教育訓練課はその名の通り、FANGチルドレンの教育、管理、及び全隊員の能力保持、能力訓練の一切を取り扱う。FANGチルドレンは例外なくこのセクションに配属され自律制御能力と社会適応能力を主眼とした基本教育を受けた後に本格的な訓練を受け、各セクションに配属されることになる。未覚醒オーヴァードの発見、及び有能な人物の発見、確保も教育訓練課の重要な仕事であり、広域監理課と提携を行いながらこれらの活動に当たっている。

様々な技能、能力を持つ隊員、チルドレンの教育を行う教育訓練課は「スキルデパート」と言われるほどの豊富な人材の宝庫であり、作戦時においては多種多様な要員としてチームに編入される事が非常に多い。

諜報防諜課の役割は多岐に渡るが、FANGにおける情報部としての役割を持つことは間違いない。スパイ的な行動から情報操作や様々な工作活動など、映画で見るような一般人には理解できない事を当然のようにやってのける。全セクションの中で最も暗部が濃いセクションであり、敵対する組織や勢力に対する暗殺、破壊工作が行われることも珍しくない。

作戦時においては、優れた諜報能力を持つ諜報防諜課のエージェントがチームに編入されることは珍しくない。 また、「物理諜報能力」いわゆる破壊工作、暗殺、戦闘能力に長けるエージェントも数多く、単独で諜報能力と戦闘能力を併せ持つソリストとして編入されることもある。

作戦参謀課はその名の通り、戦術規模から戦略規模の作戦を統括し、各方面に交渉を行い、隊員の活動からFANGの活動を優位にする。また、各ネットワークを通じて、戦術、戦略面における過去のケース、予測されるあらゆるケースに対するディスカッションを行っており、ここでまとめられたシミュレートマニュアルは全支部の全セクションに送信される。基本的な日常業務としては全セクションと連絡を取り合い、それぞれの活動が衝突あるいは矛盾しないように作戦を調整することにある。

作戦参謀課には優秀な指揮能力、交渉能力、調達能力を持つエージェントが数多く存在し、チームのブレインあるいは裏方的役割として編入される事が数多い。FANGは基本的にチーム単位で独立して作戦に当たるために、外部各方面に対するコネクション、高い指揮能力を持つエージェントが存在することはチームの能力を大幅に高めている

FANGの活動における基盤と言える部門がこの広域監理課である。各支部が受け持つ広いエリア内で起こる様々な事件の初期対応から解決は基本的に広域監理課が受け持ち、特別な技能が必要とされる場合や特殊な状況下の場合に、他セクションから応援を受けて対処、あるいは他セクションに引き継ぎが行われる。ＵＧＮセントラル各支部との連携が期待できなくなった現在、急速に勢力を拡大している部門であり、アンダーカヴァー、イリーガルエージェントの割合が一番大きい部門となっている。

広域監理課は、その性質上、民間の様々な組織、勢力に対するコネクション能力が高く、基本任務が初期対応から対処までを受け持つために個人能力も高い。このためチームにおいては汎用的な運用をされる事が多く、取り分け支部の管轄エリア内の事件、外部民間組織が関与する事件においては、その高い能力をフルに発揮する。

FANGにおける最強戦力、それが機甲戦術課である。 戦闘機、戦車をはじめ、小型の強襲空母すら保有し、軍隊と言ってもいい程の武装と戦力を誇る。全て軍務経験ないしは厳しい特別訓練を受けた者のみで構成され、常時における活動は訓練が主となるが、非常事態となり出動要請が出た場合、その戦闘力の総てを以て一切を壊滅する。無論、各国との関係、影響から「数による規模」という点では各国軍とは比較にならないが、装備のレベル、豊富さ、練度、オーヴァードを編入したその戦力は局地戦においては圧倒的な戦力を誇る。

機甲戦術課のエージェントがチームに編入される場合、純粋な戦闘力、あるいは戦場の専門家として編入されるケースが多い。 中でも機械化陸戦強襲部隊「CERBEROS」のエージェントは「個人による部隊」と言われるほどの能力を持つ。